Baginda mengumpul beberapa pengikut di Makkah. Begitupun, kumpulan kecil Muslim itu terdedah kepada maut berikutan ancaman daripada kaum kafir, terutama bangsa Quraish, yang menyeksa mereka dengan teruk. Bagi mengelakkan ancaman itu, Rasulullah SAW mengarahkan pengikutnya supaya keluar dari Makkah secara senyap-senyap ke Madinah (ketika itu dikenali sebagai Yathrib). Mereka meninggalkan keluarga yang kafir dan harta benda dan disambut dengan mesra oleh penduduk Madinah. Satu hari pada tahun 622M, iaitu kira-kira 12 tahun selepas berdakwah di Makkah, Rasulullah SAW diberitahu kaum kafirun Makkah merancang membunuh baginda untuk memusnahkan Islam.
Rasulullah menunggu perintah daripada Allah SWT. Malaikat Jibrail (as) menemui baginda untuk memberitahunya Allah SWT mengarahkan baginda supaya meninggalkan Madinah pada waktu malam. Berikutan itu, baginda menemui sahabat baiknya Abu Bakar as-Siddiq (ra) dan memintanya supaya menemani baginda dalam perjalanan itu.
Rasulullah juga memberitahu rancangan baginda kepada Ali bin Abi Talib (ra). Baginda memberitahunya: "Saya akan berhijrah tetapi anda perlu mengambil tempat saya di rumah." Ali (ra) tanpa banyak soal menuruti permintaan Rasulullah (SAW) walaupun menyedari bahaya bakal dihadapinya. Malam itu, sekumpulan Quraish mengepung rumah Rasulullah (SAW). Mengintai melalui lubang di pintu, mereka nampak seseorang sedang tidur di atas katil Rasulullah (SAW). Mereka begitu yakin Rasulullah tidak dapat melepaskan diri dan mereka pasti dapat membunuh baginda. Apabila fajar menjelang, mereka terperanjat melihat Ali (as) dan bukannya Rasulullah (SAW) bangun dari katil itu. Mereka terpinga-pinga memikirkan bila Rasulullah (SAW) keluar dari rumah itu. Rasulullah (SAW) dan Abu Bakr (as) keluar dari Makkah pada malam itu juga. Tiada siapa mengetahui arah tujuan mereka dan tiada siapa tahu tempat persembunyian mereka kecuali Abdullah dan anak-anak Abu Bakr, Aishah dan Asma, serta orang gaji mereka, Abdullah.
Rasulullah (SAW) dan Abu Bakr bersembunyi dalam sebuah gua di Gunung Thaur. Selama tiga hari mereka berada dalam gua itu. Apabila kaum Quraish menghampiri gua itu untuk mencari Rasulullah (SAW) tetapi mereka tidak memasukinya. Mereka yakin Rasulullah (SAW) dan Abu Bakr (as) tidak berada di dalam kerana mulut gua itu dilitupi oleh benang sarang labah-labah dan sepasang burung merpati.
Allah SWT membantu dua insan ini, melindungi mereka daripada bahaya. Kumpulan Quraish kemudian meninggalkan gua itu dan bersetuju untuk pulang ke Makkah. Yakin musuh sudah beredar, Rasulullah (SAW) dan Abu Bakr (as) meneruskan perjalanan dengan menaiki unta dibawa oleh orang gaji mereka, Abdullah.
Ketiga-tiga mereka menggunakan laluan tidak diketahui ramai untuk ke Madinah bagi mengelakkan kumpulan pemburu Quraish. Mereka meredah gunung, bukit dan gurun di bawah perit matahari tetapi mereka tidak pernah berputus asa. Mereka meletakkan segala kepercayaan kepada Allah SWT. Sementara itu, kaum Quraish di Makkah semakin marah dengan kehilangan Rasulullah (SAW). Mereka menawarkan hadih kepada sesiapa yang dapat menangkap Rasulullah (SAW). Ramai yang mencuba nasib tetapi semuanya gagal. Akhirnya dengan perlindungan Allah SWT, Rasulullah (SAW) dan sahabatnya tiba perkampungan kaum Bani Sabin yang menyambut mereka dengan gembira. Setelah sekian lama, Rasulullah (SAW) dan sahabatnya akhir merasakan kehadiran harapan untuk masa depan. Ketika Rasulullah (SAW) dan sahabatnya dalam perjalanan, penduduk Islam yang sudah berpindah ke Madinah sebelum ini mendengar berita mengenai kedatangan pemimpin mereka itu.
Malah penduduk Madinah yang baru memeluk Islam juga gembira dapat bertemu Rasulullah (SAW). Jelaslah, sebelum tibanya Rasulullah di Madinah, Islam semakin kukuh di tempat baru itu, sesuatu yang tidak berlaku ketika berada di Makkah. Maka pada hari Isnin 8 Rabiulawal bersamaan 20 September 622M, Rasulullah (SAW) akhirnya tiba di Quba, sempadan Madinah dan benar-benar masuk ke Kota Madinah pada 12 Rabiulawal, hari Jumaat dan mendirikan solat Jumaat yang pertama di Kampung Bani Amar. Kaum Muslimin semua keluar untuk menyambut baginda. Bertitik tolak dari itu, Rasulullah (SAW) mula membina sebuah negara Islam yang megah. Baginda memupukkan persaudaraan di kalangan umat Muslim dan menyeru mereka supaya menegakkan yang hak dan mengikut segala perintah Allah SWT.
Kesan daripada penghijrahan Rasulullah (SAW) dari Makkah ke Madinah adalah satu catatan penting sehingga umat Islam menjadikan tahun peristiwa bersejarah ini sebagai tahun permulaan kalendar Islam.
